Управление Академией Пастухова осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации и Уставом академии на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.

Органами управления академии являются конференция работников академии (далее – конференция), Ученый совет, педагогический совет, ректор.

Конференция является коллегиальным органом управления, к компетенции которой, в том числе, относятся избрание Ученого совета, принятие программы развития академии, обсуждение проекта и принятие решения о заключении и изменении коллективного договора. Конференция созывается по мере необходимости, но не реже 1 раза в 5 лет.

Ученый совет является выборным коллегиальным органом, осуществляющим общее руководство академией.

Педагогический совет является постоянно действующим коллегиальным органом,
осуществляющим руководство образовательной деятельностью академии.

Единоличным исполнительным органом академии является ректор, который осуществляет текущее руководство деятельностью академии.